Вопросы и ответы

Здравствуйте! Помогите пожалуйста.
Я устроился на работу в госучреждение для обслуживания компьютеров (20 штук). Но т.к. должности системного администратора нет в ЕТКС и в штатном рассписани, меня приняли на должность инженера по ТБ на 0,5 ставки. Вторые полставки занимает инженер совмещением. Трудовой договор был стандартный, без дополнительных условий. Но в устной форме с директором заключили соглашение, что я буду выполнять работу по необходимости, т.е. если много работы – я работаю ежедневно по 8 ч., если всё работает – то отдыхаю. При этом все свои часы за месяц (по табелю) я отрабатываю. Так и работал 2,5 года, даже перерабатывал.
В ЕТКС нашел подходящую должность «инженер-электроник», нашел должностные обязанности, предоставил главному бухгалтеру, но никаких изменений. Нет конкретных должностных обязанностей, нет рабочего места, нет инструмента.
Но 3 июня, в первый день нового месяца на работу не вышел по семейным обстоятельствам (вся компьютерная техника работала нормально). Придя на работу на следующий день я узнал, что на меня написана докладная за прогул – отсутствие на рабочем месте более 3 ч. Ст. 54.6. Далее по приказу был уволен по статье. Не предупреждение, не выговор. Почему же 2,5 года меня не увольняли?
В Трудовом Кодексе РК есть статья 85 «Работа в режиме гибкого рабочего времени» и статья 86 «Суммированный учет рабочего времени». Могу ли я воспользоваться этой статьей для обжалования решения о моем увольнении? Или все дело только в формальных документах, а реальные факты значения не имеют? Подскажите, что мне делать?